《柯南，好想永远和你在一起，可是我们没有机会了吧》·一
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦察所，说要带柯南往游乐园。柯南认为她又是美希子所扮，便不加猜忌的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用**把持。本来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完整创造了！
柯南在慌张中还是利用**射中了假装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔往。
与此同时从学校绑架了少年侦察团，并要挟哀交出她研究4869解毒药的数据材料。哀为了救大家把材料给了组织，并被押上了车。
而在开走前却暗中告诉在他离开之后就杀逝世少年侦察团的三人。
在要枪杀少年侦察团时，柯南终于找到了那里救了大家，但还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉悟！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的着落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己往面对玄色组织。
但磁盘被闯进博士家的英语老师拿走了，本来她是黑衣组织上层安排在b的特工。阿笠博士用自己的新创造弹射坐椅诱骗了，逃过一逝世来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状态时，却创造坐在侦察所客厅里的毛利浮现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利眼前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
本来毛利早就猜忌了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和全部事件。毛利在沉睡般的沉思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘材料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，b特工赤井秀一来到同事家，意外的创造了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后浏览了柯南的自述以及对全部事件的推理。他对同事的身份开端猜忌，但却忽然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的闻声了小五郎和阿笠博士的对话，终于断定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以生命为赌注，为救回新一与黑衣组织尽一逝世战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被带回了组织。要挟秀一参加组织，最后的考虑时间为2小时。
由于有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据盘算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，逝众人回生”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进进了他的密室，本来这里就是工藤优作独自反抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集材料的幌子。
工藤优作和美希子明确决战的时刻已经来临。收拾设备之时，前门忽然涌现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的假装。优作惊奇的创造到来的客人居然是自己从学生时代便结交的逝世党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的巨大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失落的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方法就是让自己的儿子黑羽快斗在世界领域内寻找一块特别的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、玄色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，本来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的玄色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界展览会正在这里召开。本来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进进了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵进了黑衣组织的电脑中枢，正在向外流传加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息收拾到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支撑者！组织的一部分重要功效就是以非法手段达到日本的扩大！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使b特工暗中参与。事实上美国也想通过操作组织来把持日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门忽然打开，走进来的是——“rr”。
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