之后羽柴秀吉攻下因幡，随后攻下岩屋城，夺取淡路，明智光秀大喜，随后派去使者与长宗我部家谈和，作为四国方面攻略的军团长，轻松拿下四国必定可以得到织田信长的奖赏。
上一年，明智光秀跟着织田信长到了甲斐的踯躅崎馆，说了一句：到达这里，我们的努力真是没有白费。
这句话惹怒了织田信长，织田信长怒骂明智光秀：你做什么努力吗？随后让森兰丸敲了明智光秀的脑袋。
天正十年，二月，织田信长决定在京都阅兵，同时邀请了武田正信和德川家康。
二十八号，织田信长于京都天皇内殿的东边马场举行一大展示，即所谓的京都军马演练，此演练为以信长为首的织田家一门、丹羽长秀、山内一丰等织田军团的军容展示。
同样还有武田正信的近卫军，以及德川家康的三河勇士。
此时的军马演练，正亲町天皇亦有出席。
此时在纪州的杂贺众开始内部分裂，支持信长派的铃木孙一与反信长派的土桥平次等人互相争斗，导致杂贺众势力衰退。
接着针对高野山于1581年藏匿荒木村重残党与足利义昭密通等与信长为敌的动作，信长派出数十名使者欲和平地解决此事，而高野山方面却不合理地将信长派去的使者全部杀害。
被激怒的信长逮捕织田领地中数百名高野山僧人，并命令河内、大和的各大名包围高野山，高野山上的人活活饿死。
到了六月，已经等的不耐烦的织田信长准备派三男神户信孝、重臣丹羽长秀等军团进攻四国的长宗我部元亲。
明智光秀知道后大为惊讶，又加上自己刚刚被撤职一时间有些心慌，随后他的家臣直接告诉明智光秀造反，明智光秀没有答应。
但是随着家臣们的劝说，以及明智光秀自己的恐惧，他也下定了决心。
6月1日，信长援军35000人出阵，其中包括出阵出云、石见的明智光秀军；自己仅带不到100人，从安土城出发，当夜织田信长下榻京都本能寺，召来国手日海和尚（即本因坊算砂）和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊。
当日晚间，信长召来长男织田信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝。
此时已有谋反之心的明智光秀回到居城和手下重臣斋藤内藏介利三、明智左马介光春等商议，认为自己取代信长的时机已经成熟。
当夜，明智军13000余人出阵。第一队大将明智左马介光春四天王但马、村上和泉、三宅式部、妻木主计3700人。
第二队大将明智治左卫门藤田伝五郎、并河扫部介、伊势与三郎、松田太郎左卫门约4000人本队总大将明智光秀明智十郎左卫门、荒木山城守、荒木友之丞、诹访飞騨守、斋藤内藏介、奥田宫内、御牧三左卫门3200余人。
天正10年6月1日半夜，明智军到达京都。明智左马介光春大喊一声：“敌在本能寺！”随后进攻织田信长泊宿的本能寺，明智治左卫门攻二条城和织田信忠泊宿的妙觉寺，明智光秀坐镇三条堀河。
本能寺更是被重重包围，第一重四天王但马，第二重村上和泉，第三重三宅式部；且本能寺周围所有的出口都有2~300人负责把守。
6月1日子时，明智军完成包围工作。听到四周的动静后，小姓们开始骚乱。信长最初还以为是侍卫们吵架，刚才爬起身准备斥责，（就像当初今川义元遭遇偷袭时一样）忽听铁炮发射之声，阵阵鸣响。
“定然有人反叛，去，看看叛者是谁？！”信长命令小姓森兰丸说。
森兰丸出去了一会儿，匆匆跑回禀报：“是桔梗旗印，像是惟任日向守的部队！”
信长大惊：“光秀吗……”
“一定会失败”兰丸所指的，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
知道明智光秀谋反后，织田信长亲自上阵，率小姓众奋战，但始终是寡不敌众。
御马屋附近马郎、藤八、岩、新六、彦一、弥六、熊、小驹若、虎若等二十四人战死。
御殿内小姓森乱、森力、森坊兄弟三人、小河爱平、高桥虎松、金森义入、菅屋角藏、鱼住胜七、武田喜太郎、大冢又一郎、狩野又九郎、蒲田与五郎、今川孙二郎、落合小八郎、伊藤彦作、久々利龟、种田龟、针阿弥、饭河宫松、山田弥太郎、祖父江孙、柏原锅兄弟、平尾久助、大冢孙三、汤浅甚介、小仓松寿等战死。
织田信长见大势已去，切腹自杀，但奇怪的是在本能寺内竟然没有人找到信长的尸体。
信忠率本队1500人前往救援其父失败，于京都二条城内自杀。就是这短短两三个小时改变了整个战国的历史。
在受命西援羽柴秀吉，与毛利军对战后，明智光秀从安土返回自己的本城近江坂本，五月二十六日再到丹波龟山。翌日，他前往
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